黃瓜、甜瓜、西瓜、冬瓜、南瓜、葫蘆等,都是葫蘆科植物。在百萬(wàn)年為單位的演化歷程中,逐漸分化成了不同的物種,在經(jīng)過人類的馴化、選育,才成為了今天的模樣。
這些來(lái)自同一個(gè)祖先的植物,究竟經(jīng)歷了什么,才變成了如今形狀不同、口味不同,甚至用途也不同的作物呢?近日,國(guó)際權(quán)威學(xué)術(shù)期刊《自然通訊》在線發(fā)表了冬瓜基因組和變異組研究成果,闡明了黃瓜、甜瓜、西瓜、葫蘆、冬瓜和南瓜等瓜類作物的基因組演化歷史,揭示了冬瓜等果實(shí)在馴化和育種改良過程中由小變大的分子機(jī)制。
葫蘆科共有的基因組加倍事件。受訪者供圖
瓜類作物基因組演化史
該研究首次繪制了冬瓜的基因組精細(xì)圖譜,并據(jù)此揭示了瓜類作物的基因演化歷史。
研究發(fā)現(xiàn),冬瓜含有27000多個(gè)基因,重復(fù)序列的大量擴(kuò)增導(dǎo)致基因組比其他瓜類作物大2至3倍。同時(shí),通過比較,研究人員還發(fā)現(xiàn),冬瓜是所有已知瓜類作物中保留祖先基因狀態(tài)最多的作物。許愿超介紹說(shuō),“在植物的演化中,會(huì)不斷出現(xiàn)染色體斷裂、融合的現(xiàn)象,并由此產(chǎn)生各種豐富多彩的新物種。然而,研究發(fā)現(xiàn),冬瓜在演化中,染色體斷裂、融合的現(xiàn)象最少,所以它保留了最多祖先的染色體。”以冬瓜基因組為參考,通過比較基因組學(xué)的方法,推斷出所有瓜類作物起源于一個(gè)擁有15條染色體的祖先基因組。
冬瓜果實(shí)從小變大的原因
瓜類作物的果實(shí)發(fā)育都經(jīng)歷了由小變大的過程,“實(shí)際上,野生冬瓜果實(shí)非常小,長(zhǎng)度小于10厘米,只有雞蛋大小。而大多數(shù)冬瓜品種果實(shí)巨大,長(zhǎng)度可以達(dá)到1米,重量達(dá)到50斤左右。”論文第一作者,中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院蔬菜花卉研究所博士許愿超告訴新京報(bào)記者。該研究在冬瓜基因組精細(xì)圖譜的基礎(chǔ)上,又分析了146份冬瓜資源,構(gòu)建了全基因組遺傳變異圖譜,解釋了冬瓜由小變大的秘密。
研究發(fā)現(xiàn),冬瓜起源于印度,果實(shí)變大經(jīng)歷了兩步進(jìn)化過程,第一步是從野生種到地方種,地方種主要在云南西雙版納地區(qū);第二步是從地方種到栽培種,更大更長(zhǎng),并且人類對(duì)冬瓜進(jìn)行了人為選擇,栽培種分為有臘粉和無(wú)臘粉的兩種,后者就是常說(shuō)的黑皮冬瓜。在馴化過程中有上千個(gè)基因發(fā)生了變化,其中兩個(gè)控制冬瓜果實(shí)大小的候選基因還在黃瓜、西紅柿等果實(shí)發(fā)育過程中起到重要作用。
葫蘆科植物中,西瓜、甜瓜等味道甜美,是鮮食的佳品,但冬瓜、南瓜等,卻要加工后才好吃?為什么會(huì)出現(xiàn)這樣的區(qū)別?
許愿超認(rèn)為,這可能和人類的選擇有關(guān),“野生的葫蘆科植物,都是不能吃的,有的還特別苦。在人類馴化和培育的過程中,可能會(huì)偶然發(fā)現(xiàn),某一個(gè)變得好吃了,就把它留下來(lái),不斷培育,使它越來(lái)越好吃。還有一些可能不那么好吃,但加工后也能吃,也留下了下來(lái),加以培育。所以,人類的需求不同、選擇不同,決定了它們的進(jìn)化方向也不同”。