以企業(yè)為主體的商業(yè)化育種新機制實施兩年來進展緩慢。兩會期間，來自種業(yè)界的一些全國人大代表在分析原因時指出，當前商業(yè)化育種面臨兩大問題：一是育種的商業(yè)性和公益性在實踐中難以劃分，科研院所退出商業(yè)化育種領域存在實際困難；二是受傳統(tǒng)育種科研體制制約，民族種企短期內(nèi)還難以扮演種業(yè)創(chuàng)新的主體角色。

      2011年，國務院頒發(fā)的《關于加快推進現(xiàn)代農(nóng)作物種業(yè)發(fā)展的意見》提出建立以種子企業(yè)為主體的商業(yè)化育種機制，要求科研院校退出商業(yè)化育種領域，轉(zhuǎn)向公益性和基礎性研究。

      全國人大代表、河南農(nóng)科院小麥研究所所長許為剛說，《意見》進行這樣的功能劃分，初衷是為了解決科研體制存在的弊端，加快發(fā)展中國種業(yè)，應對國外種企咄咄逼人的態(tài)勢，這種劃分符合國際潮流，對種業(yè)發(fā)展是必要的。但是在實踐中，育種的商業(yè)性和公益性難以區(qū)分。育種是以產(chǎn)品創(chuàng)造為目標的應用科學，公益性和商業(yè)性之間存在必然聯(lián)系。更重要的是，現(xiàn)代生物育種不僅是要揭示某種自然規(guī)律，而且還要獲得知識產(chǎn)權(quán)。可以設想，如果沒有知識產(chǎn)權(quán)，將來搞育種就會面臨無米之炊的尷尬局面。在這個意義上，基礎性研究又是商業(yè)性研究。

      除了育種科學本身的特殊性外，基于中國種企整體實力落后的現(xiàn)狀，一些代表認為，民族種企要承擔起育種創(chuàng)新主體的重任尚需時日。全國人大代表、安徽省宿州農(nóng)科院副研究員楊杰表示，做大、做強企業(yè)是國家針對國外種企逐步占領中國市場的嚴峻局面而采取的科學措施，但因中國多年來育種工作一直由科研院所承擔，種企僅負責市場銷售，如果科研院所現(xiàn)在完全從商業(yè)化育種領域退出，種企短期內(nèi)難以成長為創(chuàng)新主體。

      全國人大代表、冠豐種業(yè)董事長方才臣則認為，建立以企業(yè)為主體、以市場為導向、產(chǎn)學研相結(jié)合的技術(shù)創(chuàng)新體系是未來種業(yè)發(fā)展的必然方向，而要讓企業(yè)成為創(chuàng)新主體，關鍵是要制定政策，讓資金、項目和人才向企業(yè)流動。他說，目前社會有一種不好的現(xiàn)象，就是大家都不愿意到企業(yè)來，而在國外，很多尖端人才都集中在企業(yè)。以美國孟山都為例，一個公司擁有兩位諾貝爾獎獲得者。此外，他還建議，政府在資金扶持上不能像過去撒胡椒面似的面面俱到，要重點投放，因為分散只能帶來低水平的重復，難以將種業(yè)做精、做細。
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