近日，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所的水稻分子設(shè)計技術(shù)與應(yīng)用創(chuàng)新團(tuán)隊和大豆優(yōu)異基因資源發(fā)掘與創(chuàng)新利用團(tuán)隊聯(lián)手，升級功能基因組育種FGB（Functional Genomics Breeding）數(shù)據(jù)共享模式，聯(lián)合搭建大豆代表性種質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫，為將我國大豆種質(zhì)資源優(yōu)勢轉(zhuǎn)變?yōu)榛蛸Y源優(yōu)勢和品種優(yōu)勢提供重要信息平臺和挖掘工具。相關(guān)研究成果發(fā)表在《科學(xué)通報(Science Bulletin)》。

 

　　種質(zhì)資源是作物育種的重要物質(zhì)基礎(chǔ)，是國家戰(zhàn)略性資源。大豆起源于中國，我國大豆種質(zhì)資源在世界上最為豐富。在這個組學(xué)時代，海量多組學(xué)數(shù)據(jù)不斷產(chǎn)生，如何充分共享組學(xué)數(shù)據(jù)是一直困擾著大豆種質(zhì)資源工作者的重要問題。

 

　　該研究團(tuán)隊在《中國科學(xué)生命科學(xué)（SCIENCE CHINA Life Science）》發(fā)表的代表性大豆種質(zhì)資源重測序和表型數(shù)據(jù)基礎(chǔ)上，采用自主創(chuàng)立的FGB共享模式開展數(shù)據(jù)平臺搭建工作。該模式于2015年發(fā)布在《科學(xué)通報》，首次應(yīng)用于3000份水稻測序種質(zhì)RFGB數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建，并于2020年完成首度升級。針對大豆在基因組和種質(zhì)資源等方面的特點及用戶需求差異，研究團(tuán)隊通過FGB共享模式的再次升級與拓展，建立了SoyFGB v2.0數(shù)據(jù)平臺。

 

 

　　SoyFGB v2.0數(shù)據(jù)平臺的特點主要表現(xiàn)在以下3個方面。一是提供離散值的表型數(shù)據(jù)來幫助用戶識別用于育種或遺傳研究的“有用”種質(zhì)資源，實現(xiàn)了2K-SG的33個數(shù)量性狀與9個質(zhì)量性狀的非下載共享。二是用戶可以利用SoyFGB或用戶自有的未公開表型數(shù)據(jù)來實現(xiàn)表型和單倍型變異的相關(guān)性在不同基因組分辨率下的在線解析。三是一旦獲得基因組作圖定位與表型性狀相關(guān)區(qū)域，使用 “搜索”和“瀏覽”模塊，用戶可以獲取2K-SG 的基因組變異，用于實驗驗證。根據(jù)用戶實際體驗，與傳統(tǒng)Excel表格輔助進(jìn)行單倍型分析相比，采用SoyFGBv2.0進(jìn)行特定基因的單倍型分析能夠提高效率近60倍。

 

　　該研究得到國家重點研發(fā)計劃、國家自然科學(xué)基金、中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院科技創(chuàng)新工程等項目的資助。(通訊員 衛(wèi)斐)

 

　　原文鏈接：https://doi.org/10.1016/j.scib.2022.08.001