近日，中國農科院作物科學研究所小麥基因資源發(fā)掘與利用創(chuàng)新團隊牽頭構建了小麥基因定位與基因組研究平臺——WheatGmap（https://www.wheatgmap.org），為高效克隆小麥功能基因提供了一個有效的數(shù)據(jù)利用、分析和共享平臺。相關研究成果在線發(fā)表于《分子植物（Molecular Plant）》。

 

      據(jù)介紹，集群分離分析作為一種在分離群體中鑒定目標基因的方法，由于具有高效、低成本的優(yōu)點被廣泛應用。然而，對于缺乏生物信息學背景的研究者來說，深度分析高通量測序獲得的數(shù)據(jù)、正確選擇最優(yōu)算法、有效利用已公布的海量數(shù)據(jù)成為當前應用集群分離分析方法進行小麥基因快速定位和候選基因篩選的限速步驟。因此，研發(fā)一個界面友好、易操作的專業(yè)性數(shù)據(jù)處理平臺將對推動小麥研究有重要應用意義。

 

      該平臺目前整合并分析了超過3500份六倍體小麥的高通量測序數(shù)據(jù)，包括全基因組測序(WGS)、外顯子組測序(WES)和轉錄組測序(RNA-seq)數(shù)據(jù)。為了方便用戶利用這些資源，網站整合了SNP-index、Euclidean distance (ED)、QTLseqr和varBScore四種集群分離分析模型。此外，網站集成了序列比對、基因注釋、表達分析、富集分析等序列分析和基因功能研究常用的工具。（工人日報記者 黃哲雯）