種子是農(nóng)業(yè)的芯片,事關(guān)國家糧食安全。提升種業(yè)競爭力是打好種業(yè)翻身仗的重要內(nèi)容,而工程化育種水平的提高是提升種業(yè)競爭力的關(guān)鍵。整合利用現(xiàn)代育種技術(shù)構(gòu)建高效育種技術(shù)體系,構(gòu)建符合我國國情的種業(yè)科研體系,能為加快建設(shè)農(nóng)業(yè)強(qiáng)國提供科技支撐。玉米是我國第一大作物,是重要的工業(yè)原料、飼料和人類食糧。盡管我國玉米種業(yè)企業(yè)數(shù)量眾多,但尚未建立起高效的商業(yè)化育種技術(shù)體系。雙單倍體(DH)與全基因組選擇(GS)技術(shù)是玉米育種中的核心技術(shù)。通過DH和GS技術(shù)的有機(jī)整合,在此基礎(chǔ)上融合表型技術(shù)、機(jī)器學(xué)習(xí)、深度學(xué)習(xí)等,有望構(gòu)建大數(shù)據(jù)和人工智能驅(qū)動的智能育種技術(shù)體系,從而推動我國育種從傳統(tǒng)育種向智能育種的轉(zhuǎn)變。目前,DH和GS相結(jié)合的玉米單倍體工程化育種已經(jīng)成為大型跨國種業(yè)公司的主要育種模式,但在國內(nèi)玉米育種中還比較少見。
為了推進(jìn)和實(shí)施DH+GS快速育種技術(shù)在玉米上的應(yīng)用,8月18至20日,首屆玉米單倍體工程化育種技術(shù)研討會在中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所(后稱“中國農(nóng)科院作科所”)重大工程樓順利召開,來自全國20個科研單位和30余家國內(nèi)頂尖種業(yè)公司的100余位專家參加了本次會議(圖1)。會議由三部分組成:特邀報告、圓桌會議和田間考察。19日,11位主題報告專家作了精彩報告,參會專家們就玉米DH與GS技術(shù)相結(jié)合應(yīng)用于育種展開了熱烈的討論。20日,專家們一同前往農(nóng)科院作科所順義試驗(yàn)基地,集中參觀考察了作科所玉米品種展示,并與作科所各玉米課題組分享交流了玉米科研和育種情況。本次會議由依托中國農(nóng)科院作科所的作物分子育種國家工程研究中心主辦,石家莊博瑞迪生物技術(shù)有限公司承辦。
▲圖1 到會專家合影
中國農(nóng)科院作科所王文生副所長主持開幕式。中國農(nóng)科院科技局副局長劉濤致歡迎辭。劉局長在致辭中強(qiáng)調(diào)了玉米在國家戰(zhàn)略布局中的重要地位,作物分子育種國家工程研究中心需要做好平臺支撐,農(nóng)科院將舉全院之力辦好“種子、耕地、生物安全、農(nóng)機(jī)裝備、綠色低碳、鄉(xiāng)村發(fā)展”六件大事,呼吁大家瞄準(zhǔn)關(guān)鍵核心技術(shù)開展科研攻關(guān),并期待研討會能帶動后續(xù)一系列育種技術(shù)論壇的推進(jìn)。
隨后,中國農(nóng)科院作科所所長周文彬研究員致辭。周所長在講話中強(qiáng)調(diào)了種業(yè)在糧食安全和農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展中所承擔(dān)的重要使命,DH育種、全基因組選擇和智慧育種技術(shù)在未來玉米育種創(chuàng)新中應(yīng)該發(fā)揮的重要作用,期待類似的研討會能夠推動育種科研模式的創(chuàng)新和種業(yè)發(fā)展,并希望科研單位和種業(yè)企業(yè)進(jìn)一步深化合作,積極探索科企合作新模式。
本次研討會的召集人之一徐云碧博士致開幕詞。他簡要地回顧了玉米工程化育種在中國的發(fā)展歷程,提出了流水線和智能驅(qū)動的兩個工程化育種階段,討論了中國玉米工程化育種已經(jīng)具備的條件以及需要填補(bǔ)的短板(圖2)。
▲圖2 開幕式嘉賓及主持人
此次特邀報告的嘉賓包括中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院生物技術(shù)研究所研究員李新海、中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所研究員徐云碧、中國農(nóng)業(yè)大學(xué)副教授劉晨旭、黑龍江省華育和創(chuàng)生物科技有限公司總經(jīng)理孫文濤、揚(yáng)州大學(xué)副教授徐揚(yáng)、中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所研究員李慧慧、中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所研究員黎亮、金苑(北京)農(nóng)業(yè)技術(shù)研究院有限公司首席育種家范弘偉、安徽隆平高科種業(yè)有限公司數(shù)據(jù)分析經(jīng)理鄧飛、中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所研究員付俊杰、以及甘肅五谷種業(yè)股份有限公司董事長李世曉。中國農(nóng)科院作科所黃長玲研究員、付俊杰研究員、李慧慧研究員主持了19日的特邀報告會。
李新海研究員作了題為《玉米遺傳改良與種質(zhì)創(chuàng)新》的報告。他以農(nóng)大108、鄭單958、京科968等單交種的演變?yōu)槔?,介紹了玉米品種的選育與變遷,提出了我國玉米品種的需求方向?yàn)槟兔軝C(jī)械化、耐逆綠色化和優(yōu)質(zhì)專用化。他分析了美國種質(zhì)、熱帶種質(zhì)與我國種質(zhì)的異同,指出通過群體內(nèi)循環(huán)選育聚合育種元件,提高優(yōu)良等位基因頻率,從而實(shí)現(xiàn)玉米群體改良和種質(zhì)創(chuàng)新的途徑。此外,他還概括了育種技術(shù)的發(fā)展歷程,強(qiáng)調(diào)了DH技術(shù)的引領(lǐng)性和重要性(圖3)。
徐云碧研究員作了題為《玉米工程化育種:路向何方?》的報告。他指出了工程化育種中存在的問題,其中包括生物技術(shù)研發(fā)與育種應(yīng)用嚴(yán)重脫節(jié),作物生產(chǎn)、育種和農(nóng)業(yè)設(shè)施需要加強(qiáng)工程化和機(jī)械化。他提出在所有作物開展育種單倍體化以實(shí)現(xiàn)高效育種的新思路,同時強(qiáng)調(diào)了環(huán)境型鑒定和環(huán)境信息在育種預(yù)測和選擇中的重要作用。他強(qiáng)調(diào),信息累積是育種學(xué)家的責(zé)任和義務(wù),要充分利用大數(shù)據(jù)、人工智能和基因組-環(huán)境組集成預(yù)測,借助智能育種積累數(shù)據(jù)。同時,倡導(dǎo)科企間開展開源育種,共享育種信息、資源和預(yù)測模型(圖3)。
劉晨旭副教授作了題為《玉米單倍體育種關(guān)鍵基因挖掘與應(yīng)用》的報告。他及其所在的團(tuán)隊(duì)克隆了關(guān)鍵單倍體誘導(dǎo)基因ZmPLA1、ZmDMP,通過構(gòu)建敲除系進(jìn)行了功能驗(yàn)證,結(jié)合分析小麥、谷子、水稻、大麥等作物,發(fā)現(xiàn)ZmPLA1是作物通用型的誘導(dǎo)基因;在十字花科、茄科、豆科、葫蘆科中發(fā)現(xiàn)ZmDMP具有保守作用。并通過單倍體鑒別關(guān)鍵基因,獲得了系列單倍體誘導(dǎo)系,為縮短育種周期、加快育種進(jìn)程的單倍體育種提供了分子理論基礎(chǔ)(圖3)。
孫文濤總經(jīng)理作了題為《玉米DH高通量生產(chǎn)體系及應(yīng)用趨勢》的報告。他講解了國內(nèi)玉米DH高通量生產(chǎn)體系的構(gòu)建、生產(chǎn)成果及應(yīng)用趨勢,介紹了生產(chǎn)體系構(gòu)建中的加倍方法。他提出,在高通量DH生產(chǎn)及商業(yè)化應(yīng)用中,技術(shù)問題容易解決,關(guān)鍵在人。他認(rèn)為玉米DH高通量生產(chǎn)數(shù)量瓶頸已突破,然而大量DH系如何及時、準(zhǔn)確評價已成為挑戰(zhàn)。盡管基因型數(shù)據(jù)可以快速穩(wěn)定獲取,AI模型算法正在快速發(fā)展中,但表型數(shù)據(jù)的獲取仍有待加強(qiáng)(圖3)。
徐揚(yáng)副教授作了題為《作物全基因組選擇方法及應(yīng)用研究》的報告。她闡述了影響基因組預(yù)測準(zhǔn)確性的主要因素,可以采用基因型、表型、環(huán)境、群體、多組學(xué)數(shù)據(jù)來提升基因組預(yù)測的準(zhǔn)確性。她通過多性狀聯(lián)合分析,展示了多性狀GS分析的優(yōu)越性;通過多組學(xué)GS分析,發(fā)現(xiàn)將親本表型信息納入雜交種表型預(yù)測時,能夠較大幅度提高表型預(yù)測的準(zhǔn)確性。由于轉(zhuǎn)錄組和代謝組存在時空特異性,建議在GS育種實(shí)踐中優(yōu)先考慮結(jié)合親本表型信息(圖3)。
李慧慧研究員作了題為《人工智能與大數(shù)據(jù)融合的作物智能設(shè)計(jì)育種》的報告。目前育種大數(shù)據(jù)與實(shí)際育種脫節(jié),為此她提出了基于深度學(xué)習(xí)的全基因組選擇方法(DNNGP)。DNNGP模型可結(jié)合多組學(xué)數(shù)據(jù),實(shí)現(xiàn)對作物復(fù)雜性狀多維度的精準(zhǔn)預(yù)測。與其它模型相比,當(dāng)數(shù)據(jù)維度增加時,DNNGP模型在預(yù)測精度和計(jì)算效率上具有突出優(yōu)勢。該模型目前已應(yīng)用于植物耐鹽基因的挖掘,利用氣象環(huán)境大數(shù)據(jù)預(yù)測基因型與環(huán)境互作,以及預(yù)測最優(yōu)親本的選配方案等多個場景(圖3)。
▲圖3 上午場報告嘉賓
黎亮研究員作了題為《玉米單倍體育種與GS應(yīng)用》的報告。他簡要介紹了DH系育種的常規(guī)流程、傳統(tǒng)策略下DH系的育種問題,并提出四個DH系與GS的整合育種策略:全同胞策略、半同胞策略、利用歷史數(shù)據(jù)預(yù)測以及雜交種的早代預(yù)測策略。最后,他倡議了“3萬 + 30萬共享計(jì)劃”的育種協(xié)作共享思路,通過基因型與表型數(shù)據(jù)共享,貫通科研單位與企業(yè)的協(xié)作互助,以期早日在中國種業(yè)實(shí)現(xiàn)智能育種(圖4)。
范弘偉首席作了題為《DH商業(yè)化育種實(shí)踐》的報告。他講述了誘導(dǎo)單倍體的原理、DH育種優(yōu)勢、單倍體加倍方法、常規(guī)DH育種流程以及DH育種的瓶頸。他介紹了在金苑種業(yè)主要采用的春誘導(dǎo)冬加倍的育種流程,在田間鑒定篩選DH系,進(jìn)行全生育期淘汰。目前,金苑種業(yè)已建立了開放免費(fèi)的DH技術(shù)平臺,尋求多方合作共贏(圖4)。
鄧飛經(jīng)理作了題為《隆平高科DH-GS育種實(shí)踐分享》的報告。他首先簡要介紹了隆平高科公司情況及其商業(yè)化育種體系,尤其是分子育種情況。隨后重點(diǎn)介紹了隆平高科的全基因組選擇技術(shù)體系,通過自身搭建的成熟高效的DH系生產(chǎn)技術(shù)平臺,以及自主知識產(chǎn)權(quán)的芯片和基因型鑒定平臺,多環(huán)境表型測試平臺,形成了獨(dú)具特色的DH+GS技術(shù)體系。他還分享了利用GS技術(shù)的一些技術(shù)細(xì)節(jié),尤其是數(shù)據(jù)質(zhì)量控制的重要性(圖4)。
付俊杰研究員作了題為《玉米20K液相芯片研發(fā)及應(yīng)用》的報告。他介紹了靶向測序基因型分型(GBTS)-液相芯片技術(shù)和現(xiàn)有芯片產(chǎn)品,提出市場上亟需一款高性價比的GS育種芯片。由此,通過逐步篩選現(xiàn)代育種富集位點(diǎn)和全基因組關(guān)聯(lián)位點(diǎn),開發(fā)了一款用于DH評價的高通量低成本的20K系列芯片(20K和3K)。他舉例說明了這兩款芯片在數(shù)量性狀的全基因組選擇育種、種質(zhì)資源鑒定與評價、性狀-位點(diǎn)關(guān)聯(lián)分析和QTL定位等領(lǐng)域的應(yīng)用(圖4)。
李世曉董事長作了題為《玉米大品種創(chuàng)新路徑探索》的報告。他表示,經(jīng)典育種仍然是當(dāng)前主要的育種技術(shù),隨著DH技術(shù)的大力發(fā)展,希望在未來能夠通過人工智能設(shè)計(jì)育種來突破經(jīng)典育種的瓶頸。李總系統(tǒng)闡述了他“夢中”的研發(fā)體系,他認(rèn)為我國對于玉米表型的認(rèn)知需要形成一個集體共識,通過不斷探索表型和育種目標(biāo)的直接相關(guān)性,持續(xù)矯正,最終形成一個統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)(圖4)。
▲圖4 下午場報告嘉賓
特邀報告后,本次會議特別策劃了圓桌討論,由中國農(nóng)科院作科所徐云碧研究員主持,針對DH和GS技術(shù)在育種中的相關(guān)問題,專家們進(jìn)行了長達(dá)兩小時的熱烈討論。多位企業(yè)家與科學(xué)家交流了GS技術(shù)在DH育種實(shí)踐中的應(yīng)用難點(diǎn)和疑問,包括如何定制個性化液相芯片、如何構(gòu)建預(yù)測模型、如何高效進(jìn)行DH系的選擇淘汰、如何讓科研為實(shí)際育種應(yīng)用服務(wù)等(圖5)。
▲圖5 圓桌討論現(xiàn)場
討論會后,黃長玲研究員和陳紹江教授受邀進(jìn)行總結(jié)和點(diǎn)評。黃長玲研究員表示,本次會議意義重大,期望大家一定要用新的技術(shù)為育種插上翅膀。陳紹江教授肯定了目前的預(yù)測模型和液相芯片,倡導(dǎo)從工程觀的角度來認(rèn)識育種,以單倍體技術(shù)作為切入點(diǎn),進(jìn)一步形成高效且適合我國國情的育種模式。最后,中國農(nóng)科院作科所作物育種中心副主任、本次會議的召集人之一黎亮研究員作總結(jié)性發(fā)言,表示DH技術(shù)和GS技術(shù)是當(dāng)前玉米育種的重要抓手,是國外種業(yè)公司領(lǐng)先于我國的重要方面。他強(qiáng)調(diào)了這兩個技術(shù)背后的研發(fā)理念,呼吁各位專家為糧食安全和國家使命做貢獻(xiàn)。他還表示,合作是唯一的出路,需要共同實(shí)現(xiàn)研發(fā)體系的創(chuàng)新,作科所愿意積極推動前沿技術(shù)的落地應(yīng)用和關(guān)鍵核心種質(zhì)的創(chuàng)新,致力于成為種業(yè)企業(yè)的研發(fā)中心,推動研發(fā)能力快速提升(圖6)。
▲圖6 會議主持及總結(jié)
20日,在中國農(nóng)科院作科所順義試驗(yàn)基地,與會專家們考察了作科所玉米品種展示區(qū)。中國農(nóng)科院作科所成果轉(zhuǎn)化處陶志強(qiáng)介紹了順義站及展示田的基本情況,范開建博士講解了展示區(qū)玉米田間種植設(shè)計(jì)、種植時間、密度、熟期等信息,在各育種負(fù)責(zé)人的介紹下,專家們參觀了新育成的玉米品種。隨后,到會專家們依次參觀了作科所黃長玲研究員、謝傳曉研究員、李文學(xué)研究員、李新海研究員、王天宇研究員和黎亮研究員等玉米研究創(chuàng)新小組的種植材料,并進(jìn)行了充分的交流(圖7)。
▲圖7 中國農(nóng)科院作科所順義基地品種觀摩會
作為首屆玉米單倍體工程化育種技術(shù)研討會,本次會議深入討論了玉米DH技術(shù)與GS技術(shù)的研究進(jìn)展,交流了玉米商業(yè)化育種的實(shí)踐,介紹了一款適合單倍體工程化育種應(yīng)用的液相芯片。致力于通過鼓勵科企聯(lián)合、資源和技術(shù)共享,共同促進(jìn)DH與GS在玉米育種中的應(yīng)用。本次會議的圓滿落幕,也是研究和合作的開始,希望科企共同持續(xù)努力,推動育種科研模式的創(chuàng)新和種業(yè)發(fā)展。在此特別感謝石家莊博瑞迪生物技術(shù)有限公司為承辦本次研討會。期待并誠摯邀請各界專家們參與后續(xù)由作物分子育種國家工程研究中心組織的一系列專題研討會,精誠合作,共同推進(jìn)種業(yè)科技進(jìn)步和發(fā)展